Afin de préserver le marais de Saône, tout en le valorisant d’un point de vue pédagogique, les 5 communes riveraines du marais ont décidé de se rassembler au sein du Syndicat mixte du marais de Saône avec l’appui du Conseil général, depuis septembre 2000, date de création du syndicat mixte du marais de Saône.

Le 1^er janvier 2018, dans le cadre de la loi du 27 janvier 2014 de modernisation de l’action publique territoriale et d’affirmation des métropoles (Loi MAPTAM), la Communauté d’Agglomération du Grand Besançon s’est substituée aux communes riveraines.

Le 5 juin 2019, le comité syndical a voté de nouveaux statuts pour la structure, incluant une extension de son périmètre d’action à l’ensemble du bassin d’alimentation de la source d’Arcier, incluant la Communauté Urbaine de Grand Besançon Métropole (ex CAGB), la Communauté de Commune des Portes du Haut-Doubs ainsi que le Conseil Départemental du Doubs.

Désormais, le « nouveau » syndicat du marais de Saône et du bassin versant de la source d’Arcier regroupe 14 communes. Il est administré par un comité syndical de 12 représentants des collectivités adhérentes. Il est en charge de la gestion des milieux aquatiques